灌装间的空间环境卫生是纯净水生产中的一个重要环节，特别是在空气较为潮湿的地方，再加上灌装间也是长期处于潮湿的状态，空气中容易滋生细菌和霉菌。因此，水厂要做好对灌装间的空间消毒工作。通常在水厂中常用的空间消毒方法有以下几种：

1、二氧化氯熏蒸法

按每立方米空间需1ml活化后的二氧化氯消毒剂比例，每20立方米放置一个宽口的容器相对均匀地悬挂在室内四周距地面1米以上的墙上，每隔三天更换一次，采取三天内轮流更换，消毒效果更为有效。

2、甲醛熏蒸法

此方法杀菌*，但在熏蒸的过程中由于甲醛的气味有强烈的刺激性，对人体会造成不适，因此此方法通常每周进行一次。倒适量的甲醛溶液于塑料的瓶器中（每立方米空间甲醛用量为10~15毫升），再倒入0.5克的高锰酸钾。配好后将此溶液放置在屋内四角及中央，熏蒸完毕后，屋内可放一小瓶25%的氨水中和气味。

     在标准的灌装间中，需用255~380ml的甲醛和126~190克的高锰酸钾。

3、双氧水喷雾法

    将稀释比例为1：50的双氧水倒入喷雾器中，对灌装间的各处进行均匀的喷洒，用量为每100立方米用200毫升。

4、二氧化氯喷洒法

用500~800ppm（1：25~40）活化的二氧化氯消毒剂喷洒、喷雾于空间中。喷雾粒子小，分散度高，效果好。用量为每立方米空间需用二氧化氯消毒液1毫升。

此外，由于细菌对消毒剂有适应性，灌装间的消毒剂要定时地更换品种，这样才能达到良好的杀菌效果。